Міністерство культури та національної спадщини відновило фінансування проекту за новою формулою. Було змінено його назву на «Античні пам'ятки Чорного моря», що відображає теперішній стан дослідницьких інтересів учасників проекту.
25-30 квітня - візит Альфреда Твардецького до Києва. Домовленості з керівництвом ІА НАНУ щодо принципів співпраці в рамках проекту з особливою увагою до археологічних розкопок НМВ в Ольвії, а також рамкового плану фактичних дій до кінця 2018 року.
31 травня - 5 червня - візит професора Алли Буйських до Варшави. Визначення останніх деталей співпраці між НМВ та ІА НАНУ у рамках проекту. Підписання договору про початок археологічних розкопок НМВ в Ольвії у співпраці з ІА НАНУ. Керівником польської експедиції назначено д-ра Альфреда Твардецького, з української сторони ІА НАНУ керівником назначено проф. Аллу Буйських.
6 липня - 20 серпня - перший сезон розкопок Польської археологічної місії НМВ в Ольвії. Згідно з попередніми домовленостями з українською стороною, роботи польською місією проводитимуться на не досліджуваній до цього часу території римської цитаделі поблизу української ділянки Р 25. Польська ділянка отримала номер Р 23. Стратегічною метою польських археологічних розкопок є вивчення недослідженої частини плато, на якому знаходяться залишки римської цитаделі та грецького міста. У майбутньому, у поєднанні з результатами попередніх українських досліджень, це дозволить повністю відтворити територію, яку займала римська фортеця, а ще раніше - один із найвище розташованих пунктів стародавньої Ольвії. Після геофізичних досліджень території діяльності місії розпочато розкопки. Під час них було розкрито площу в 100 м2, в першу чергу усунено гумусовий шар і змішані шари ґрунту. Згідно з планом, роботи було завершено після досягнення наймолодших культурних шарів. Метою першого сезону праць, що проводились в Ольвії, перш за все, було ознайомлення зі специфікою об'єкту і відпрацювання процедур документування пам'яток старовини, знайдених під час розкопок, а також проведення власне розкопок. Цей етап дуже важливий з огляду на необхідність ведення паралельної документації польською (для потреб НМВ) та російською (для потреб IA НАНУ) мовами. Обидві цілі досягнуто. У результаті археологічних розкопок отримано 342 окремі пам'ятки, зокрема 48 монет, які ходили протягом всіх періодів існування Ольвії як грецької колонії, римської фортеці та поселення черняхівської культури. Також було класифіковано кілька тисяч групових пам'яток старовини. Серед них ідентифіковано кілька десятків фрагментів пізньоантичної кераміки, попередньо датованої кінцем IV – початком V ст. Це один з найважливіших наукових результатів дослідницького сезону 2016 р., оскільки він підтверджує функціонування поселення в Ольвії до початків V ст., а не, як до цього часу вважала частина дослідників, до 375 р. (наїзд гунів).
30 жовтня – 5 листопада – візит професора Алли Буйських до Варшави. Під час цього візиту було підведено підсумок річної археологічної кампанії з точки зору організаційних питань, було розпочато аналіз наукових результатів розкопок та роботи над звітом з археологічних розкопок. Визначено необхідність проведення геодезичних та фотографічних робіт з використанням дрону для створення ортофотографічної карти у першу чергу римської цитаделі, а у подальшому - всієї території міста.
6 -12 листопада – візит Альфреда Твардецького до Києва. Продовжено роботи над звітом з археологічних розкопок. Альфред Твардецький розпочав пошукову роботу в архіві ІА НАНУ з метою ознайомлення з неопублікованими звітами з археологічних розкопок, що проводились в Ольвії ІА НАНУ протягом останніх кількох десятків років.
20-26 листопада – візит Альфреда Твардецького до Санкт-Петербургу. Участь у міжнародній конференції «Боспорський феномен. Боспорська еліта та її культура» (22-25.11.2016) з доповіддю «Evidence of foreign citizens in the Bosporan inscriptions». Під час конференції з кримськими партнерами проекту, призупиненого у 2014 р., було обговорено умови заключної публікації результатів археологічних розкопок, що проводились НМВ до 2013 р. у Тірітаці (Керч) в Криму, за наявної ситуації. Весь матеріал археологічних розкопок та попередні археологічні звіти з робіт, що проводилися у Тірітаці, опубліковано на сайті проекту: http://blackseaproject.mnw.art.pl
До кінця 2016 року до бази даних на сайті проекту було додано всі пам'ятки старовини, знайдені під час цьогорічних розкопок.